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Multi-omics Studies of Extracellular Vesicles
发表期刊：Pharmacological Research
发表年份：2023
影响因子：9.3/1区（2023年IF）
食管鳞状细胞癌（ESCC）是一种侵袭性肿瘤，其致癌的复杂机制尚不清楚。肿瘤微环境（TME）与ESCC的侵袭、转移密切相关，调节TME可能改善肿瘤患者预后；TME的异质性影响ESCC患者的疗效和预后。单细胞转录组测序（scRNA-seq）使得我们能够了解肿瘤的细胞组成图谱，解析TME；但难以深入解析对TME调节至关重要的细胞间通讯。组织细胞外囊泡（EV）是TME的重要组成部分；EV作为细胞间信号呈递载体，参与细胞通信调节TME，与肿瘤的发生发展紧密相关。
入组样本：2个原发性食管鳞癌ESCC肿瘤组织 & 2个转移性ESCC肿瘤组织 & 2个正常组织
研究技术：单细胞转录组 & 组织外泌体长链RNA测序—仅分析mRNA
最终在ESCC中鉴定了11个细胞亚群，不同细胞亚群的丰度在不同样本和组别之间存在差异。使用组织酶解上清液分离组织外泌体，进行转录组分析；分析结果表明癌旁组织和癌组织EV的基因表达存在显著差异；差异基因在TME相关的细胞外基质，结构重构等term富集；结合TCGA数据库分析，结果表明EV差异基因高表达和肿瘤的不良预后显著相关。
单细胞转录组和组织EV转录组联合分析研究组织EV的细胞来源，揭示不同细胞亚群对组织EV的贡献度；结果表明癌组织中上皮细胞来源的EV占主导地位，在癌旁组织中内皮细胞和成纤维细胞来源的EV占主导地位。上皮细胞、内皮细胞和成纤维细胞等来源的EV差异基因表达与预后不良显著相关。
Single-cell RNA-sequencing data reveals the genetic source of extracellular vesicles in esophageal squamous cell carcinoma. Pharmacol Res. 2023 May 20:106800.
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